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Johannes ist von Berlin nach München gezogen, wo dem jungen Virologen eine Doktorandenstelle am renommierten Lehrstuhl von Professor Behringer angeboten wurde. Dort befreundet er sich mit dem algerischstämmigen Kollegen Farid. Obwohl Johannes Mehdi Freundschaft und Kollegialität anbietet, kommen ihm bald erste Zweifel an Farids wahrer Identität, denn er Verfassungsschutz hat versucht, ihn als Informanten zu gewinnen, um den Verdacht auf seine Zugehörigkeit zu einer terroristischen Vereinigung zu überprüfen. Die Konkurrenzsituation am Arbeitsplatz und die Rivalität um die Zuneigung von Beate erschüttern Johannes’ moralisches Koordinatensystem nachhaltig. Benjamin Heisenberg: "Schläfer ist ein Film über einen gesellschaftlichen Zustand der Verunsicherung, mehr als über die Gefahr durch den islamischen Terror, oder die Schuld oder Unschuld einzelner Charaktere. Er beschreibt Konstellationen, in denen der Mensch aus der gewohnten Weltwahrnehmung geworfen wird und das Vertraute seine Unschuld verliert. Im schleichenden Strudel aus Verunsicherung, Angst, Zwiespalt und Misstrauen kann ein Augenaufschlag, ein falsches Wort, eine Berührung zum Auslöser einer politischen und menschlichen Tragödie werden. Das Drama liegt in der Entfremdung, der inneren Verarmung der Menschen, im Gegenüber von Moral und Triebhaftigkeit und in der unheilvollen Verflechtung von makroskopischen und mikroskopischen Fragen des Lebens."